2001年6月，卫生部颁布了《生活饮用水卫生标准》该标准是在《生活饮用水卫生标准GB5749-85》上修定而成，规定自2007年7月1日实施。《生活饮用水水质卫生规范》中水质指标共96项，常规检测项目34项，非常规检测项目62项，与《生活饮用水卫生标准》GB5749-85相比，增加和修改了某些指标，加强了对有机污染的监测，对人体健康危害大的指标限值更加严格。
随着经济的发展，饮用水水资源的污染，1986年发布的《生活饮用水卫生标准GB5749-85》已不能满足人民的生活需求，2006年底，卫生部联合国家标准管理委员会由建设部、国土资源部、水利部、国家环保总局，组织卫生、供水、环保、水利、水资源等各方面专家共同完成了对原标准《生活饮用水卫生标准GB5749-85》的修订，并规定自2012年7月1日全面实施《生活饮用水卫生标准》（GB5749－2006）。
新标准中水质指标指标数量由《生活饮用水卫生标准GB5749-85》35项增加至106项，并对原标准的8项指标进行了修订，其中：
微生物指标由2项增至6项，增加了大肠埃希氏菌、耐热大肠菌群、贾第鞭毛虫和隐孢子虫，修订了总大肠菌群；
饮用水消毒剂由1项增至4项，增加了一氯胺、臭氧、二氧化氯；
毒理指标中无机化合物由10项增至21项，增加了溴酸盐、亚氯酸盐、氯酸盐、锑、钡、铍、硼、钼、镍、铊、氯化氰；并修订了砷、镉、铅、硝酸盐；
毒理指标中有机化合物由5项增至53项，增加了甲醛、三卤甲烷、二氯甲烷、二氯乙烷、三氯乙烷、三溴甲烷、一氯二溴甲烷、二氯一溴甲烷、环氧氯丙烷、氯乙烯、二氯乙烯、二氯乙烯、三氯乙烯、四氯乙烯、六氯丁二烯、二氯乙酸、三氯乙酸、三氯乙醛、苯、甲苯、二甲苯、乙苯、苯乙烯、三氯酚、氯苯、二氯苯、二氯苯、三氯苯、邻苯二甲酸二(2-乙基己基)酯、丙烯酰胺、微囊藻毒素-LR、灭草松、百菌清、溴氰菊酯、乐果、滴、七氯、六氯苯、林丹、马拉硫磷、对硫磷、甲基对硫磷、五氯酚、莠去津、呋喃丹、毒死蜱、敌敌畏、草甘膦；
感官性状和一般理化指标由15项增至20项，增加了耗氧量、氨氮、硫化物、钠、铝；修订了浑浊度；