在高纯水的出产过程中，水中的阴、阳离子可用电渗析法、反渗透法及离子交换树脂等去除;水中的颗粒通常可用超过滤、膜过滤等去除;水中的细菌，当前国内多选用加药或紫外灯照射或臭氧灭菌的办法去除;水中的TOC则通常用活性炭、反渗透处置。
天然水中溶解的气体有氧气、二氧化碳、二氧化硫和少数的甲烷、氡气等，在高纯水的出产过程中，还必需去掉这类气体。为了有效地去掉杂质，在出产高纯水的过程中，加入了一些化学灭菌剂，如甲醛、双氧水、次氯酸钠等。因此这些构成了高纯水不能作为饮用水的缘由之一。
检测标准
水质pH值的测定玻璃电极法GB6920-1986
水质悬浮物的测定重量法GB11901-1989
水质钙和镁总量的测定EDTA滴定法GB7477-1987
电导率的测定（电导仪法）SL78-1994
水质溶解氧的测定碘量法GB7489-1987
水质高锰酸盐指数的测定GB11892-1989
水质五日生化需氧量（BOD5）的测定稀释与接种法HJ505-2009
水质氨氮的测定纳氏试剂分光光度法HJ535-2009
水质氨氮的测定水杨酸分光光度法HJ536-2009
水质硝酸盐氮的测定酚2磺酸分光光度法GB7480-1987