兽药残留是指动物用药后留在动物体内的残留药或者其代谢产物，兽药残留的危害大，食品含有兽药残留的食品很有可能造成慢性中毒，威胁生命健康，诱发多种疾病。
兽药残留种类多，大量、频繁地使用抗生素，可使动物机体中的耐药致病菌很容易感染人类，抗生素药物残留可使人体中细菌产生耐药性，扰乱人体微生态而产生各种毒副作用；磺胺类药物主要通过输液、口服、创伤外用等用药方式或作为饲料添加剂而残留在动物源食品中。呋喃唑酮和硝呋烯腙常用于猪或鸡的饲料中来预防疾病，它们在动物源食品中应为零残留，是食品动物禁用兽药。在养殖业中常见使用的激素和β-兴奋剂类主要有性激素类、皮质激素类和盐酸克仑特罗等。
以下是兽药常见检测项目：
猪肝中盐酸克伦特罗、莱克多巴胺、沙丁胺醇
牛肉、羊肉中盐酸克伦特罗
禽肉中恩诺沙星、环丙沙星、沙拉沙星和达氟沙星
猪肉中硝基呋喃类代谢物
猪蓝耳病毒、猪瘟病毒、猪伪狂犬病毒、猪伪狂犬病毒gE蛋白、猪圆环病毒、猪乙型脑炎病毒、猪口蹄疫3ABC蛋白、猪口蹄疫病毒IgG、猪细小病毒、鸡禽流感、蓝舌病、白斑综合征、牛传染性胸膜肺炎、牛瘟、绵羊痘和山羊痘、莱克多巴胺、黄曲酶毒素B1、克伦特罗、黄曲霉毒素总量、三聚氰胺、阿灭丁、双甲脒、阿莫西林、氨苄西林、氨丙琳、安普霉紊、阿散酸、阿维菌素、甲基吡啶磷、氮哌酮、氯羟吡啶、杆菌肽、苄青霉家、头孢噻呋、克拉维酸、氯霉素、庆大霉素、链霉素、喹乙醇代谢物、硫酸链霉素、四环素、组胺、羧苄青霉素、噻孢菌素钠、红霉素、潮霉素B等。
兽药虽然在防治动物疾病、改善畜产品质量等方面起着十分重要的作用，但是滥用兽药易造成动物源食品中有害物质的残留，对人体健康造成直接危害，对畜牧业的发展和生态环境也会造成很大危害。