微生物检测是运用微生物学的理论与方法，检验产品中微生物的种类、数量、性质及其对人的健康的影响，以判别是否符合质量标准的检测方法。
检测范围：
医药微生物：药品原料、药品、中药材、保健品等
水质微生物：纯净水、生活饮用、天然净水、天然矿泉水、瓶桶装饮用水及工业用水等
食品微生物：肉制品、蛋制品、粮食制品、水产制品、乳制品、饮料等
日用产品：化妆品、清洁护理用品、洗涤用品、一次性卫生用品、一次性医疗用品等
土壤微生物检测：种植土、农业用地等
环境微生物：特定环境中微生物限度检测等
检测项目：
菌落总数、霉菌和酵母计数、大肠杆菌、沙门氏菌、志贺氏菌、大肠埃希氏菌、副溶血性弧菌、金黄色葡萄球菌、溶血性链球菌、产气荚膜梭菌、蜡样芽孢杆菌、单增李斯特氏菌、双歧杆菌、乳酸菌、罐头商业无菌、阪崎肠杆菌、粪链球菌等其他微生物
检测标准：
GB/T 38483-2020 微生物源抗生素类次生代谢产物抗细菌活性测定 抑菌圈法
GB/T 38481-2020 微生物频突变测定 双重测序法
GB/T 38480-2020 微生物源抗生素类次生代谢产物抗真菌活性测定 菌丝生长速率法
GB/T 38568-2020 工业微生物菌株生长表型测定 微液滴浊度法
GB/T 38569-2020 工业微生物菌株质量评价 拉曼光谱法
GB/T 38580-2020 微生物诱变育种技术规范
GB/T 38096-2019 微生物源抗生素类次生代谢产物杀线虫活性测定 浸虫法
GB/T 37280-2019 荧光增白剂产品中微生物的测定
GB/T 19973.2-2018 医疗器械的灭菌 微生物学方法 第2部分：用于灭菌过程的定义、确认和维护的无菌试验
GB/T 34224-2017 生物产品中gong能性微生物检测
GB/T 33682-2017 基质辅助激光解析电离飞行时间质谱鉴别微生物方法通则
GB/T 32720-2016 土壤微生物呼吸的实验室测定方法