饮用水菌落总数测定是用来判定饮用水被细菌污染的程度及卫生质量，它反映饮用水是否符合卫生要求，以便对被检样品做出适当的卫生学评价。
菌落总数是指在需氧情况下，37℃培养48h，能在普通营养琼脂平板上生长的细菌菌落总数。其只是反映自来水和源水中细菌的分布水平，不代表具体数量，也不区分是有害菌和有益菌和微生物。
菌落单位为CFU，以平板上所生成一个肉眼可见的斑点计为1CFU，经过培养后我们数出平板上所生长出的菌落个数，从而计算出每毫升或每克待检样品中可以培养出多少个菌落，于是以CFU/ml或CFU/g报告之。
GB5749-2006《生活饮用水卫生标准》中规定居民饮用水中菌落总数限值为100CFU/ml。
饮用水在生产过程中的污染源，主要源于水的消毒不彻底，灌装过程中受含菌空气二次污染，受灌装设备、包装材料等的二次交叉感染。而在产品后加工段中的二次污染是导致产品菌落总数超标等一系列卫生问题的根本原因。
饮用水检测项目：
饮用水套餐一26项指标：菌落总数、总大肠菌群、砷、镉、铬(六价)、铅、汞、硒、氟化物、硝酸盐(以N计)、色度、浑浊度、臭和味、肉眼可见物、pH、铁、锰、铜、锌、氯化物、硫酸盐、溶解性总固体、总硬度、耗氧量、挥发酚类(以苯酚计)、阴离子合成洗涤剂;
饮用水套餐二12项指标：砷、铅、汞、铬(六价)、嗅和味、肉眼可见物、溶解性总固体、总硬度、浊度、pH值、菌落总数、总大肠菌群;
饮用水套餐三38项指标,06版常规检测表1生活饮用水标准检验法 GB/T5750-2006
菌落总数、总大肠菌群、耐热大肠菌群、大肠埃希氏菌、砷、镉、铬(六价)、铅、汞、硒、氰化物、氟化物、硝酸盐(以N计)、三氯甲烷、溴酸盐(使用臭氧消毒时)、甲醛(使用臭氧消毒时)、亚氯酸盐(使用二氧化氯消毒时)、氯酸盐(使用二氧化氯消毒时)、色度、浑浊度、臭和味、肉眼可见物、pH、铝、铁、锰、铜、锌、氯化物、硫酸盐、溶解性总固体、总硬度、耗氧量、挥发酚类(以苯酚计)、阴离子合成洗涤剂、总α放射性、总β放射性。