目前，我国城市二次供水的方法大多是建筑地下贮水池、屋顶水箱的方式。虽解决了部分高层用水的需求和管网水压偏低的问题，但二次供水系统污染，饮用水水质下降，各种严重的水质污染时有发生，大大影响了人们的身体健康，与人们生活水平提高而对水质要求越来越高的矛盾日益突出。加强对二次供水的管理，保证用户用到符合国家水质标准的水，已是供水企业必须面临和解决的问题。
生活饮用水的水质安全关系着居民的身体健康，国家卫生部门为保障生活饮用水的卫生安全，颁布了严格的法规来加强生活饮用水水质监测管理。各项法规对各类供水尤其是二次供水设施的水质采样点位置、检验项目及监测频率等都有明确要求。
二次供水14项检测项目：细菌总数、砷、氟化物、硝酸盐、色度、浑浊度、PH、溶解性总固体、总硬度、cod、铁、锰、氯化物、硫酸盐
二次供水21项检测项目：色度、pH、浑浊度、臭和味、肉眼可见物、硫酸盐、氯化物、氨氮、亚硝酸盐氮、硝酸盐氮、挥发酚类、耗氧量、总硬度、铁、锰、铜、铅、菌落总数、总大肠菌群、耐热大肠菌群、大肠埃希氏菌
二次供水存在的水质问题主要有：
1、红虫和细菌等微生物
水箱(池)内的水经过较长时间的累积，积累有各种有机物，提供了红虫和细菌等微生物繁殖的物质基础；池内水体停留一段时间以及对流较小，以致水中含氧不足；池内温度适合红虫和细菌等微生物生长及繁殖的条件；离水厂远端水池水余氯的消降等均为红虫和细菌等微生物生存提供了条件。它们常寄生在水箱的积(污)泥、粗糙的水箱(池)的表面、水管内的水垢以及藻类之中。
2、浊度及色度
二次供水中浊度及色度明显高于管网水、出厂水，这是二次供水设施(水池及供水管道)二次污染所致。
3、浊氨氮等有机物
调查表明，管网水和二次供水中氨氮的含量分别为0.02mg/ L、0.07mg/L，二次供水中氨氮的含量明显高于市政供水；耗氧量、总氮二次供水也高于管网水。
二次供水设施清洗消毒时，使用过量的氯消毒剂容易造成氯消毒副产物氯仿等指标超过国家标准的现象发生。