生物有机肥是指特定功能微生物与主要以动植物残体为来源并经无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。
调理土壤、激活土壤中微生物活跃率、克服土壤板结、增加土壤空气通透性。减少水分流失与蒸发、减轻干旱的压力、保肥、减少化肥、减轻盐碱损害，在减少化肥用量或逐步替代化肥的情况下，生物有机肥未知物分析生物有机肥内含的成分可以提高土壤肥力，使粮食作物、经济作物、蔬菜类、瓜果类大幅度增产。提高农产品品质、果品色泽鲜艳、瓜类农产品含糖量、维生素含量都有提高，提高售价。改善作物农艺性状、使作物茎杆粗壮，叶色浓绿，开花提前，果实商品性好，提早上市时间。增强作物抗病性和抗逆性、减轻作物因连作造成的病害和土传性病害，降低发病率；对花叶病、黑胫病、炭疽病等的防治都有较好的效果，增强作物对不良环境的综合防御能力。
生物有机肥未知物分析试验证明，生态有机肥可使蔬菜硝酸盐含量平均降低48.3--87.7%，氮、磷、钾含量提高5--20%，维生素C增加，总酸含量降低，还原糖增加，糖酸比提高。生态有机肥营养元素齐全，能够改良土壤，改善使用化肥造成的土壤板结。改善土壤理化性状，增强土壤保水、保肥、供肥的能力。
生物有机肥中的有益微生物进入土壤后与土壤中微生物形成相互间的共生增殖关系，抑制有害菌生长并转化为有益菌，相互作用，相互促进，起到群体的协同作用，有益菌在生长繁殖过程中产生大量的代谢产物，促使有机物的分解转化，能直接或间接为作物提供多种营养和刺激性物质，促进和调控作物生长。提高土壤孔隙度、通透交换性及植物成活率、增加有益菌和土壤微生物及种群。