经国内专家学者和水产养殖爱好者调查分析发现，造成问题的主要原因体现在以下几点：
1、总体水平低
目前，受到水处理成本压力，工厂化养殖大体采用流水养殖、半封闭循环水养殖和全封闭循环水养殖三种模式。国内大部分企业普遍采用前两种形式，真正意义上的全封闭工厂化循环水养殖企业很少，这就会导致与先进国家密集型循环水养殖在设备、工艺、产量、收益方面存在相当大的差距。许多地区采取“厂房外壳+人工养殖池”方法搞工厂化养殖，从外面看起来挺像回事的，但实际上，配套的设施、设备较少，单产很低，盈利不足。
2、基础研究较弱
循环水养殖目前仍然沿用着十几年前的传统养殖技术和设备，没有形成以设备系统+高密度生境为前提的养殖工艺技术，导致设备系统没有发挥功效，设备高耗能情况大量存在。
3、系统设备运行成本过高
现基于生物反应的循环系统运用，耗电设备大量存在，如微滤机、蛋白分离设备、除碳设备、增氧设备等等，导致系统运行能耗高，每年需要支付大量电费，严重削弱了了企业的盈利水平。
4、苗种繁育系统控制水平不高
我国苗种繁育过程全程的人工控制技术尚处于起步阶段，低营养条件下的生物膜培养技术、水质智能化控制技术、繁育智能化技术等需要突破，繁育生境人工控制技术需要优化和集成。
5、区域发展不均衡
沿海地区依托水资源、科技和经济支持的优势，工厂化养殖发展速度快，而内陆经济欠发达地区，水资源不足、科技水平低，再加之资金不足，发展缓慢。
6、养殖品种适应性
为了提高养殖效益和竞争，一般选择生长周期短、多茬养殖、产品价格高、生长速度快、肉质鲜美、养殖技术成熟、市场相对稳定和科技附加值高的品种，造成的后果就是养殖品种、方式等雷同，增加了市场竞争、降低了收益。