中药的有害物质包括内源性的和外源性的两大类。内源性的指中药本身所含具有毒副作用的化学成分，如生物碱、萜类、醌类、苷类、内酯类、挥发油等。或矿物类中药的某些成分，如汞类、砷类、铅类、铜类等化合物。或在一定剂量内产生治疗作用，但服用过量时可产生不同程度的副作用。如苦杏仁苷等。外源性的指残留的农药、重金属及有害元素、二氧hua硫等。
2019年8月16日，国家药典委发布了《0212药材和饮片检定通则公示稿》，对于植物类药材，全面进行检查重金属及有害元素（铅、镉、砷、汞、铜）的限度，同时还明确规定了33种禁用农药。
此消息一出，瞬间激起千层浪，不得不说此举从种植到销售再到终端将更加严格规范和要求中药材行业中的众多参与者。
检测项目：
重金属检测：
铅、砷、汞、镉、铜等
元素分析：
铅、镉、铬、汞、砷、铜、锌、钙、锡、氟、磷、硒、稀土等几十种元素
农药残留检测：
有机氯、有机磷、拟除虫菊酯、氨基甲酸脂、除草剂、杀菌剂等500多种农药残留检测，及GC-MS和LC-MS/MS农残扫描。
其它有毒有害物质检测：
(M1、M2、B1、B2、G1、G2)、展青霉素、、玉米赤霉烯酮、赭曲霉毒素A、游离棉酚、、亚盐、盐、亚liu酸盐、N-亚硝胺类、苯并(a)芘、3-氯-1，2-丙二醇、、反式脂肪酸、无机砷、甲基汞、盐、甲醛、、乙二醛、、二氧hua硫、吊白块、喹乙醇、组胺、石油烃、三氮、苏丹红、及三聚氰酸、邻苯二甲酸脂、4-甲基咪唑、L(-)羟脯氨酸等。
微生物检测：
菌落总数、大肠菌群、总大肠菌群、耐热大肠菌群、大肠埃希氏菌、致病菌（、志贺氏菌、副溶血性弧菌、、溶血性链球菌）、产气荚膜梭菌、蜡芽胞杆菌、霉菌、酵母菌、商业无菌、单核细胞增生李斯特氏菌、乳酸菌、阪崎肠杆菌、粪链球菌、铜绿假单胞菌、双歧杆菌等。
中药材农药残留的检测方法：
农药品种主要有有机磷杀虫剂、有机氯杀虫剂、氨基甲酸酯类杀虫剂、除草剂、杀菌剂等等。有机磷类主要用气相色谱仪进行检验，检测器多用火焰光度检测器(FPD)。有机氯类,现在亦主要用气相色谱仪进行检测，检测器为电子俘获检测器(ECD),此方法已经载入中国药典，为较成熟的检测方法。氨基甲酸酯类杀虫剂的检测方法主要有气相色谱法，检测器为氮磷检测器(N-P检测器),如检测西维因;热离子检测器，如检测西玛三。液相色谱法，检测器为荧光检测器，如检测N-甲基氨基甲酸酯类;紫外检测器，如检测。杀菌剂的检测文献报道的较多的有多菌灵、百菌清等，多菌灵可用液相色谐法检测，检测器为紫外检测器或荧光检测器。百菌清可用气相色谱法，检测器为氮磷检测器。