菌种鉴定是指将未知的细菌按照生物学特征放入已知菌种中进行比较，确定其分类地位的过程。菌种鉴定的方法包括生化鉴定、血清学鉴定、分子生物学检测、微生物自动鉴定系统鉴定和质谱技术等。
生化鉴定是细菌鉴定中Zui重要的一种鉴定手段，主要借助细菌对营养物质分解能力的不同及其代谢产物的差异对细菌进行鉴定。生化鉴定包括蛋白质分解产物实验、酶触实验、糖分解产物实验等方法。
血清学鉴定主要用于含有较多血清型的细菌，通过已知抗体检测未知抗原（待检测的细菌），或用已知抗原检测患者血清中的相应抗细菌抗体及其效价，具有操作简便、快速、特异性高等优点。
分子生物学检测主要用于人工培养基无法生长或生长速度过于缓慢以及营养要求高不容易培养的细菌，检测方法包括核酸杂交、生物芯片以及基因测序等。
微生物自动鉴定系统鉴定是一种利用计算机技术和自动化仪器对细菌进行鉴定的方法，可以快速、准确地鉴定细菌种类。
质谱技术是一种新兴的细菌鉴定方法，利用电力生物质谱对细菌核酸、蛋白质、多糖等物质进行质谱分析，具有快速、准确、灵敏度高等优点。
在进行菌种鉴定时，需要根据细菌的特点、感染性疾病的类型、标本种类、采集区域或部位等因素建立系统的检验程序，综合运用各种鉴定方法进行综合分析，以确定细菌的种类和分类地位。