基础编辑器的原理主要基于CRISPR-Cas9系统的改进和特定酶的引入，以实现单碱基的高精度编辑。其核心思想是通过特定的RNA和Cas蛋白复合物定位到基因组中的目标位置，利用特定酶对目标碱基进行转换或修饰。
以腺嘌呤碱基编辑器（ABE）和胞嘧啶碱基编辑器（CBE）为例，这些编辑器能够识别并绑定到目标DNA序列上。一旦绑定，它们就能够通过特定的酶催化反应，将腺嘌呤（A）转换为鸟嘌呤（G），或将胞嘧啶（C）转换为胸腺嘧啶（T）。这种转换过程是在单碱基水平上进行的，具有很高的精度和特异性。
与传统的CRISPR-Cas9系统相比，基础编辑器具有更高的编辑效率和更低的脱靶效应。这是因为它们不需要切割DNA双链，从而避免了潜在的细胞毒性和基因组不稳定性。基础编辑器还可以用于治疗由特定基因突变引起的疾病，为基因治疗领域带来了新的希望。
基础编辑器已经取得了显著的进展，但其在实际应用中仍面临一些挑战。例如，如何提高编辑器的特异性和效率，以及如何减少潜在的副作用和免疫原性等问题仍需要研究和解决。