随着化学肥料过度施用和利用率的降低，食品安全、资源耗竭、环境污染等矛盾日益凸显，微生物肥料因其具有培肥地力、环境友好等特点受到广泛关注。
据统计，目前我国已有微生物肥料生产企业2300余家，遍布我国的30个省、自治区、直辖市，在农业农村部登记产品6600余个，产能达3000万吨，产值约400亿的产业规模，尤其是近年来随着国家“有机肥替代化肥”、“一控两减三基本”等战略的实施，微生物肥料必将迎来更广阔的发展空间。
随着微生物肥料产业迅猛发展的安全隐患也日渐引起关注，尤其是来自不安全的生产菌种，以及产品原料和辅料中存在的重金属、抗生素、植物生长调节剂、有毒有害物质等潜在污染物。
在生产菌种方面，菌种作为微生物肥料产品核心参与者和功能主导者，其安全性是产品质量安全的首要保障。
近年来，微生物肥料生产用菌种范围不断扩大，种类日益增加，目前使用的菌种涵盖了细菌、真菌、放线菌等超过200多个种，每年都有新菌种和分类地位以及生物安全性发生变化的菌种，其不安全因素也逐渐扩大。
急需在现有农业行业标准《微生物肥料生物安全通用技术准则》（NY/T1109-2017）的基础上，充实、完善和制定微生物肥料产品生物安全评价的国家标准，实现评价程序和方法的统一，并提出菌种安全分级目录，为规范微生物肥料的安全管理提供技术支撑，助力行业的健康、快速发展。
(一）标准范围：规定微生物肥料生产用菌种安全性分级目录、不同菌种及产品选择毒理学试验的原则、程序、试验方法和结果评价方法；标准适用于中华人民共和国境内生产、销售的微生物肥料。
(二）主要技术内容：
由以下5个部分组成： 1.不同菌种及产品选择毒理学试验的原则：（1）确定将微生物肥料生产用菌种分为四级管理，菌种的安全分级目录以附录形式列出，涉及270余个菌种（species）；未列入附录中的菌种，除根瘤菌和乳杆菌(Lactobacillus）外，其余均需做毒理学试验。所有生产用菌种均需要做溶血试验，植物病原菌不可用作生产菌种。采用生物工程菌，应具有允许大面积释放的生物安全性有关批文；（2）产品的毒理学试验选择原则是，除有机物料腐熟剂以外的固体微生物接种剂类产品均免做毒理学试验；复合微生物肥料、生物有机肥和液体剂型微生物接种剂等需做急性经口毒性试验。
2.不同菌种及产品选择毒理学试验程序：包括菌种毒理学试验程序和产品的毒理学试验程序；
3.试验方法：包括受试物的准备、急性经口毒性试验、致病性试验项目、溶血试验、抗菌药物敏感试验、急性腹腔注射致病性试验、急性眼刺激试验等方法及采用标准与关键环节。
4.结果评价判定：凡有毒或致病性试验结果不符合的菌种（株），均不得作为微生物肥料生产用菌种；毒理学试验结果评价为有毒的产品，不得生产和销售。分别列出急性经口毒性试验、致病性试验的评价与判定。
5.列出2个附录：微生物肥料生产用菌种安全性分级目录清单、急性毒性（LD50）剂量分级。