固体样品
用无菌刀、剪或镊子称取不同部位的样品，剪碎放入灭菌容器内，加一定量的水混匀，制成1:10混悬液，进行检验。在处理蛋制品时，加入约30个玻璃球，以便震荡均匀。生肉及内脏，先进行表面消毒，再剪去表面样品，采集深层样品。
液体样品
原包装样品用点燃的酒精棉球消毒瓶口，再用经石炭酸或来苏儿消毒液消过毒的纱布将瓶口盖住，用经火焰消毒的开关器开启。摇匀后用无菌吸管吸取；含有二氧化碳的液体食品，按上述方法开启瓶盖后，将样品倒入无菌磨口瓶中，盖上消毒纱布，将盖开一小缝，轻轻摇动，使气体逸出后进行检验；将冷冻食品放入无菌容器内，融化后检验。
罐头
罐头进行密闭试验、膨胀试验和检验。将被检验罐头置于85℃以上的水浴中，使罐头
沉入水面以下5 cm，观察5min，如有小气泡连续上升，表面漏气；另外将罐头放在(37±2)℃环境下7d，如是水果、蔬菜罐头，放在20～25℃环境下7d，观察其盖和底有无膨胀现象。检验时，先用酒精棉球擦去罐上油污，然后用点燃的酒精棉球消毒开口的一端，用来苏儿消毒纱布盖上，再用灭菌的开罐器打开罐头，除去表层，用灭菌匙或吸管取出中间部分的样品进行检验。
检验
每种指标都有一种或几种检验方法，可根据不同的食品、不同目的来选择恰当的检验方法。通常所用的常规检验方法为现行国家标准，或，（如FAO标准、WHO标准等），或食品进口国的标准（如美国FDA标准、日本厚生省标准、欧共体标准等）。
食品卫生微生物检验室接到检验申请单，应立即登记，填写试验序号，并按检验要求立即将样品放在冰箱或冰盒中，积极准备条件进行检验。
一般阳性样品发出后3d（特殊情况可适当延长）方能处理样品；进口食品的阳性样品，需保存6个月方能处理。阴性样品可及时处理。
结果报告
样品检验完毕后，检验人员应及时填写报告单，签名后送主管人核实签字，加盖单位印章，以示生效，并立即交给食品卫生监督人员处理。
