微生物菌剂是用于改善土壤微生物菌群环境，抑制有害菌群，提高作物抗逆性，加速土壤生物多样性及有机质矿化速度、释放土壤微量元素、金属离子及养分等等目的生产的肥料菌剂。按照国家，肥料登记管理规定，微生物菌剂想要上市销售，就必须取得肥料登记证明，也就是要通过政府的备案审批。
GB20287-2006规定，该标准适用于根瘤菌菌剂检测、固氮菌菌剂检测、解磷类微生物菌剂检测、硅酸盐微生物菌剂检测、光合细菌菌剂检测、有机物料腐熟剂检测、促生菌剂检测、菌根菌剂检测、生物修复菌剂检测等，液体微生物菌剂检测、粉剂微生物菌剂检测、颗粒型微生物菌剂也适用该标准。
GB20287-2006将微生物菌剂检测项目分成三大类，分别为菌种质量评价要求，产品外观要求以及技术指标要求。其中技术指标又细分为农用微生物菌剂产品技术指标要求、有机物料腐熟剂产品技术指标要求、农用微生物菌剂产品无害化指标要求。详细要求如下：
微生物菌剂产品必须达到以上检测要求，才能完成合格报告测试。由于微生物菌剂从生产出来之后还会继续一代一代繁殖，就造成菌剂在销售时，已经老化过期，肥田能力降低，微生物对环境、人畜健康及生态安全影响，都需要进行科学有效的评价，这时就需要我们根据HJ/T415-2008《环保用微生物菌剂环境安全评价导则》等相关标准进行评价测定。值得一提的是，微生物菌剂肥料登记，企业生产管理及加工技术也需要进行检测检验，在此可以依据NY/T883-200《农用微生物菌剂生产技术规程》中的规定。