GB 8538-2016文本中大肠菌群、粪链球菌、铜绿假单胞菌和产气荚膜梭菌检验方法内容涉及的膜过滤操作步骤、结果与报告内容，语言表述不一致。2022版中采用了统一的语言描述。
（2）GB 8538-2016文本中大肠菌群、粪链球菌和铜绿假单胞菌未指明具体的水样稀释液，2022版中统一为“无菌生理盐水”或“无菌磷盐缓冲液”。
（3）删除了 GB 8538-2016 中粪链球菌、铜绿假单胞菌和产气荚膜梭菌检验方法中“在 100级的洁净工作台进行过滤操作”的相关内容
（4）修改了 GB 8538-2016 文本中“56.7 其他”、“57.7 其他”和“58.7其他”内容。
（5）大肠菌群多管发酵检验方法中“55.1.5.1 矿泉水水源水检测”修改为“55.1.5.1 15管发酵法（法）”，并修改了水样接种量；“55.1.5.2 钟饮用的矿泉水的检测”修改为“55.1.5.2 6管发酵法（第二法）”，并修改了检验方法。
（6）在 GB 8538-2016 文本基础上，铜绿假单胞菌确证性试验增加了“42 ℃生长试验”内容。
（7）明确了铜绿假单胞菌检测方法的产氨试验中滴加钠氏试剂后，须 10 s 内观察颜色变化。
（8）修改了产气荚膜梭菌的计数培养基和计数方法。
（9）删除了产气荚膜梭菌确证性试验中的“卵磷分解试验”内容，增加了“糖-明胶试验”内容。
（10）修改了大肠菌群（滤膜法）、粪链球菌、铜绿假单胞菌和产气荚膜梭菌挑取用于确证性试验的可疑菌落数量；
（11）附录B中增加了微生物检验水样的采样、保存的方法和要求。
